根据《工作机制》，双方将成立川渝两地生态环境保护联合执法工作协调小组，建立联席会议机制，定期研究讨论联合执法工作中的热点、重点以及重要协调事项，共同研究生态环境保护执法重点工作，定期通报联合执法过程中出现的新情况、新问题，研究分析两省市联合执法工作形势，提出工作措施和要求，部署联合执法行动。
双方将建立信息互通平台，及时通报边界敏感区域建设项目的审批情况、有关污染防治工作进展、环境风险隐患排查整改、河流断面水质、大气高架源排放监管信息、重点时段重点点源运行状况、预警预报信息研判等情况。当边界地区发生污染事件或其他可能威胁相邻地区环境的事件时，事发地生态环境部门要立即向相邻生态环境部门通报并报告当地政府。当本地区发生严重污染事件并确认由相邻地区所致时，要及时通报相邻生态环境部门。
双方将开展联合执法，每年组织跨界污染问题联合执法行动，由四川省、重庆市轮流组织，双方要紧密配合，共同对交界处污染问题开展现场检查和交叉检查。重点加强对敏感区域、重点污染源等环保措施落实情况的督查和突发环境事件风险隐患排查，重点行业交叉检查，重点打击各种跨界水、大气、固废违法转移等环境违法行为。发生跨省界污染违法案件时，两地共同开展监测。
为保障双方联合执法的顺利进行，四川省、重庆市生态环境执法队伍要加强与司法机关的衔接，推动完善联合执法、“两法”衔接、委托执法、异地交叉执法等措施，持续加大对生态环境违法行为的打击力度。双方相邻地市、区县可以结合实际，建立双边、多边跨区域联合执法工作机制或流域联合执法工作机制，并开展联合执法行动。
